### R code from vignette source '/home/Hornik/Work/Teaching/QFS2/qfs2_lectures.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: qfs2_lectures.Rnw:1282-1283 ################################################### dbinom(2, 10, 0.5) / dbinom(2, 10, 0.7) ################################################### ### code chunk number 2: qfs2_lectures.Rnw:1287-1288 ################################################### dbinom(8, 10, 0.5) / dbinom(8, 10, 0.7) ################################################### ### code chunk number 3: qfs2_lectures.Rnw:1328-1330 ################################################### x <- 0 : 10 dbinom(x, 10, 0.5) / dbinom(x, 10, 0.7) ################################################### ### code chunk number 4: qfs2_lectures.Rnw:1341-1343 ################################################### pbinom(6, 10, 0.5, lower.tail = FALSE) pbinom(6, 10, 0.7) ################################################### ### code chunk number 5: qfs2_lectures.Rnw:1349-1351 ################################################### pbinom(8, 10, 0.5, lower.tail = FALSE) pbinom(8, 10, 0.7) ################################################### ### code chunk number 6: qfs2_lectures.Rnw:1486-1487 ################################################### pbinom(8, 20, 0.25, lower.tail = FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: qfs2_lectures.Rnw:1858-1862 ################################################### A <- scan("Data/icea.txt") A B <- scan("Data/iceb.txt") B ################################################### ### code chunk number 8: qfs2_lectures.Rnw:1865-1866 ################################################### boxplot(A, B, names = c("Method A", "Method B")) ################################################### ### code chunk number 9: qfs2_lectures.Rnw:1870-1874 ################################################### n_A <- length(A); m_A <- mean(A); s_A <- sd(A) n_B <- length(B); m_B <- mean(B); s_B <- sd(B) s_p <- sqrt(((n_A - 1) * s_A^2 + (n_B - 1) * s_B^2) / (n_A + n_B - 2)) s_p ################################################### ### code chunk number 10: qfs2_lectures.Rnw:1878-1882 ################################################### Delta <- m_A - m_B Delta s_Delta <- s_p * sqrt(1 / n_A + 1 / n_B) s_Delta ################################################### ### code chunk number 11: qfs2_lectures.Rnw:1885-1886 ################################################### q <- qt(0.975, n_A + n_B - 2) ################################################### ### code chunk number 12: qfs2_lectures.Rnw:1889-1890 ################################################### c(Delta - q * s_Delta, Delta + q * s_Delta) ################################################### ### code chunk number 13: qfs2_lectures.Rnw:1895-1896 ################################################### t.test(A, B, var.equal = TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: qfs2_lectures.Rnw:1920-1921 ################################################### t.test(A, B, alternative = "greater", var.equal = TRUE) ################################################### ### code chunk number 15: qfs2_lectures.Rnw:1940-1941 ################################################### t.test(A, B) ################################################### ### code chunk number 16: qfs2_lectures.Rnw:1990-1993 ################################################### C <- c(A, B) r_A <- rank(C)[seq_along(A)] r_B <- rank(C)[seq_along(B) + length(A)] ################################################### ### code chunk number 17: qfs2_lectures.Rnw:1996-1997 ################################################### sum(r_B) ################################################### ### code chunk number 18: qfs2_lectures.Rnw:2001-2002 ################################################### wilcox.test(A, B) ################################################### ### code chunk number 19: qfs2_lectures.Rnw:2022-2023 ################################################### sum(r_A) - n_A * (n_A + 1) / 2 ################################################### ### code chunk number 20: qfs2_lectures.Rnw:2027-2028 ################################################### sum(r_B) - n_B * (n_B + 1) / 2 ################################################### ### code chunk number 21: qfs2_lectures.Rnw:2031-2032 ################################################### wilcox.test(B, A)$statistic ################################################### ### code chunk number 22: qfs2_lectures.Rnw:2062-2063 ################################################### wilcox.test(B, A)$statistic / (n_A * n_B) ################################################### ### code chunk number 23: qfs2_lectures.Rnw:2066-2067 ################################################### mean(outer(A, B, `<`)) ################################################### ### code chunk number 24: qfs2_lectures.Rnw:2070-2071 ################################################### c(sum(outer(A, B, `<`)), sum(outer(A, B, `<=`))) ################################################### ### code chunk number 25: qfs2_lectures.Rnw:2100-2101 ################################################### wilcox.test(A, B, conf.int = TRUE) ################################################### ### code chunk number 26: qfs2_lectures.Rnw:2167-2170 ################################################### platelet <- read.table("Data/platelet.txt", sep = ",", header = TRUE) B <- platelet$before A <- platelet$after ################################################### ### code chunk number 27: qfs2_lectures.Rnw:2173-2174 ################################################### plot(B, A, xlab = "Before", ylab = "After") ################################################### ### code chunk number 28: qfs2_lectures.Rnw:2178-2179 ################################################### cor(B, A) ################################################### ### code chunk number 29: qfs2_lectures.Rnw:2184-2187 ################################################### D <- B - A t <- mean(D) / (sd(D) / sqrt(length(D))) t ################################################### ### code chunk number 30: qfs2_lectures.Rnw:2190-2191 ################################################### t.test(B, A, paired = TRUE) ################################################### ### code chunk number 31: qfs2_lectures.Rnw:2200-2203 ################################################### D <- B - A R <- rank(abs(D)) sum(R[D > 0]) ################################################### ### code chunk number 32: qfs2_lectures.Rnw:2229-2230 ################################################### 1 / 2^(length(D)) ################################################### ### code chunk number 33: qfs2_lectures.Rnw:2233-2234 ################################################### dsignrank(1, length(D)) ################################################### ### code chunk number 34: qfs2_lectures.Rnw:2237-2238 ################################################### 2 * psignrank(1, length(D)) ################################################### ### code chunk number 35: qfs2_lectures.Rnw:2243-2244 ################################################### wilcox.test(B, A, paired = TRUE) ################################################### ### code chunk number 36: qfs2_lectures.Rnw:2251-2252 ################################################### wilcox.test(B, A, paired = TRUE, conf.int = TRUE) ################################################### ### code chunk number 37: qfs2_lectures.Rnw:2302-2303 ################################################### round(dhyper(11:24, 35, 13, 24), 4) ################################################### ### code chunk number 38: qfs2_lectures.Rnw:2307-2308 ################################################### round(phyper(11:24, 35, 13, 24), 4) ################################################### ### code chunk number 39: qfs2_lectures.Rnw:2315-2317 ################################################### tab <- matrix(c(21, 14, 3, 10), nrow = 2, byrow = TRUE) fisher.test(tab) ################################################### ### code chunk number 40: qfs2_lectures.Rnw:2357-2368 ################################################### tab <- matrix(c(147, 186, 101, 83, 25, 26, 11, 29, 32, 39, 15, 15, 94, 105, 37, 22, 59, 74, 28, 43, 18, 10, 10, 4), ncol = 4, byrow = TRUE) rownames(tab) <- c("a", "an", "this", "that", "with", "without") colnames(tab) <- c("S&S", "Emma", "SandI", "SandII") tab ################################################### ### code chunk number 41: qfs2_lectures.Rnw:2371-2372 ################################################### mosaicplot(t(tab)) ################################################### ### code chunk number 42: qfs2_lectures.Rnw:2436-2437 ################################################### chisq.test(tab[, 1 : 3]) ################################################### ### code chunk number 43: qfs2_lectures.Rnw:2440-2442 ################################################### cst <- chisq.test(tab[, 1 : 3]) sprintf("%.0f/%.1f", cst$observed, cst$expected) ################################################### ### code chunk number 44: qfs2_lectures.Rnw:2446-2448 ################################################### cst <- chisq.test(cbind(Aus = rowSums(tab[, 1:3]), Imi = tab[, 4])) cst ################################################### ### code chunk number 45: qfs2_lectures.Rnw:2452-2453 ################################################### sprintf("%.0f/%.1f", cst$observed, cst$expected) ################################################### ### code chunk number 46: qfs2_lectures.Rnw:2457-2458 ################################################### round(cst$residuals ^ 2, 2) ################################################### ### code chunk number 47: qfs2_lectures.Rnw:2461-2462 ################################################### round(cst$residuals, 2) ################################################### ### code chunk number 48: qfs2_lectures.Rnw:2484-2488 ################################################### tab <- matrix(c(550, 61, 681, 144), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(tab) <- c("College", "No College") colnames(tab) <- c("Once", "More") tab ################################################### ### code chunk number 49: qfs2_lectures.Rnw:2491-2492 ################################################### mosaicplot(tab) ################################################### ### code chunk number 50: qfs2_lectures.Rnw:2551-2552 ################################################### chisq.test(tab) ################################################### ### code chunk number 51: qfs2_lectures.Rnw:2555-2556 ################################################### chisq.test(tab, correct = FALSE) ################################################### ### code chunk number 52: qfs2_lectures.Rnw:2614-2619 ################################################### tab <- matrix(c(13, 157, 24, 505), nrow = 2, byrow = TRUE) n12 <- tab[1, 2] n21 <- tab[2, 1] Xsq <- (n12 - n21)^2 / (n12 + n21) Xsq ################################################### ### code chunk number 53: qfs2_lectures.Rnw:2622-2623 ################################################### mcnemar.test(tab)